Het natuurgeneeskundig consult begint met een uitgebreide anamnese waarbij het gestel nauwkeurig in kaart wordt gebracht. Daarbij wordt niet alleen naar de klacht, maar naar de mens als geheel gekeken. Vanuit de natuurgeneeskunde wordt de oorzaak van ziekten gezien als een groep factoren die de gezonde balans in het lichaam verstoren. Deze factoren kunnen onder andere zijn: stress, te weinig rust, slechte voeding en vaak ook een ophoping van afvalstoffen. Ziekte wordt gezien als een poging van het lichaam deze verstoring op te ruimen of als een aanpassing om minder last te hebben van verstorende factoren. Slechte kwaliteit eten, te weinig zuiver water drinken, veel stress, inademing uitlaatgassen of sigarettenrook, belasting met chemische stoffen, allen kunnen bijdragen aan een minder goed functionerend lichaam.
Bij ziekte wordt gekeken naar middelen om te reinigen, te herstellen, te ondersteunen en te stimuleren. Reiniging zou kunnen door middel van een goed dieet, veel zuiver water en bepaalde kruiden die de ontgifting stimuleren of door meer bewegen, psychische ontlading, vasten, darmspoelingen etc. Herstellen en ondersteunen kan door aanvulling van tekorten door betere voeding, vitaminen/mineralen suppletie en bijvoorbeeld oefeningen als meditatie, yoga en wandelen. Stimulatie met name van het immuunsysteem kan zowel door bepaalde kruiden en vitaminen/mineralensuppletie als door verandering van dieet en levenstijl.